Общественный образ жизни выработал у пчел особый способ зимовки: собираясь в гнезде в плотный клуб, они тем самым суммируют теплообразование и, благодаря структуре клуба, сохраняют тепло, в результате чего пчелиные семьи в состоянии переносить суровые зимы. Все особи семьи в зимний период находятся в относительно активном состоянии и обеспечивают оптимальный микроклимат своего гнезда за счет потребления кормовых запасов, приготовленных летом.
Мед, являющийся основным зимним кормом пчел, не смотря на его высокую усвояемость, все жее дает непереваримые остатки (до 1,8%). В течение всёго периода зимовки пчелы не освобождают кишечник от экскрементов. Они накапливаются в задней кишке, из-за чего к весне она сильно увеличивается, занимая большую часть брюшка, а само брюшко от этого удлиняется и раздувается. Предельная нагрузка задней кишки калом составляет 43 мг, т. е. 46,3% общей массы живой пчелы. До тех пор, пока она не достигнет максимума, пчелы зимуют нормально. Дальнейшее повышение каловой нагрузки кишечника вызывает у пчел понос, ослабление семей, их заболевание и гибель.
Успешной зимовке пчел предшествуют глубокие физиологические изменения, происходящие в их организме. В период подготовки к зимовке в семье нарождаются пчелы с большей массой, чем у пчел весенне-летней генерации; в их организме содержится повышенное количество резервных азотистых веществ, жира, гликогена; биохимическое строение тканей меняется в сторону повышения холодостойкости организма. У пчел зимостойких пород осенью в организме присутствует больше жира, белковых веществ и гликогена, чем у менее зимостойких, что связано с большей их приспособленностью к длительной и более суровой зиме. У пчел, идущих в зиму, содержание свободной воды в клетках тела снижается, причем у северных пчел уровень воды снижается в большей мере, чем у южных, а это значительно повышает их устойчивость к переохлаждению. Заметно возрастает активность фермента каталазы, выделяемого ректальными железами и играющего большую роль в консервировании экскрементов, накапливающихся в течение зимы, однако у слабозимостойких южных пчел этот процесс выражен слабее, чем у более зимостойких северных.
В зимний период у пчел изменяется даже тип дыхания. Смена типа дыхания происходит в связи с большим скоплением пчел в клубе, где затруднен свободный доступ кислорода. У летних пчел процесс образования тепла совершается при участии окислительных ферментов— оксидаз, разлагающих в клетках тела сахара с использованием кислорода воздуха. Во время зимовки в организме пчел активизируются процессы обмена веществ при участии ферментов — дегидрогеназ, использующих кислород, связанный с накопленным в теле с осени жиром. Степень замены аэробного обмена анаэробным во многом определяет выживаемость пчел в зимний период.